You won't shoot me foolish child! Don't you know who I am?
Cassandra DeVries, Perfect Dark
Tryb Cooperative
Perfect Dark Zero pozwala dwójce graczy na wspólną zabawę w trybie kooperacji zarówno na jednej konsoli, jak i za pośrednictwem Xbox Live. Tryb kooperacji ma własną drabinkę misji do zaliczenia - każdy poziom, podobnie jak w przypadku trybu dla pojedynczego gracza, należy zaliczyć na czteerch poziomach trudności (więcej o różnicach między poziomami trudności możecie przeczytać tutaj).
Bohaterowie
W trybie kooperacji pierwszy gracz wciela się w rolę Joanny Dark. Drugi z graczy natomiast kieruje poczynaniami różnych postaci, w zależności od misji. Może być to Chandra, Jack Dark lub Jonathan Steinberg. W jednej z misji kieruje się także krokami pilota rozbitego jumpshipa.
Struktura misji
W przeciwieństwie do swojej poprzedniczki, w Perfect Dark Zero struktura misji różni się od tego, z czym można spotkać się w trybie dla pojedynczego gracza. W Perfect Dark Zero autorzy decydowali się na wprowadzenie zróżnicowania misji w zależności od tego, którą postacią gracz kieruje i mocniejsze zaakcentowanie aspektów kooperacyjnych. W niektórych planszach gra jest całkowicie odmienna (np. w misji Rooftops). W niektorych różnią się początkowe partie misji (np. Bridge - Assault czy Outpost - Rescue). Jeszcze inne z kolei nie uległy specjalnym modyfikacjom. W większości misji pojawiają się natomiast zadania wymagające kooperacji (na przykład przyciski otwierające drzwi umieszczone w dwóch różnych miejscach wymagające jednoczesnego wciśnięcia).
Śmierć w trybie kooperacji
W przypadku gry w trybie kooperacji śmierć jednego z agentów nie kończy misji. W takim przypadku gracz, który poległ, może może zostać ożywiony przez kolegę za pomocą Revive Kit-a, jednak obniża to energię drugiego z graczy o połowę. W przypadku, gdy drugi gracz ma za mało energii może okazać się, że ożywienie poległego agenta nie będzie już możliwe. Zaliczenie misji w grze wymaga, aby choć jeden z graczy doszedł do jej końca.